開發區黨工委、管委會設置9個內設機構均為正科級建制。
（一）黨政辦公室
負責開發區重要會議、文字材料、檔案管理、信息及辦公自動化、機要保密、工作督查、后動服務等各項行政事務；負責對內對外的聯絡、溝通和協調工作；負責開發區重大活動的策劃安排和落實工作等。下設秘書科、綜合科、督查科。
1、秘書科
負責來文來電收發、登記、處理工作；負責開發區黨工委、管委會文件印制、分發工作；負責印鑒管理、機要保密工作；負責對內對外的聯絡和協調等工作；負責開發區檔案的接收、征集、整理、統計、歸檔、保管和提供利用等工作；負責對開發區各有關單位的檔案工作進行指導、監督、檢查；負責區史志、大事記撰寫工作；負責應急值班、后動服務、車輛管理工作；負責辦公場所安全、保衛、保潔工作；負責接待工作；負責開發區綜合性會議、活動等事項的組織實施工作。
2、綜合科
負責開發區黨工委、管委會重要講話、報告、材料、文件等文稿的起草、審核工作；負責開發區黨工委、管委會主要領導召開的會辦會、座談會的組織和紀要整理等工作。
3、督查科
負責做好縣委、縣政府以及其他上級部門要求督辦事項的督查工作；負責開發區的重點、重要事項以及主要領導批示、交辦會辦事項的督查、督辦和上報工作等。核定主任1名，副主任2名，科長3名。
（二）組織宣傳部
負責開發區黨的建設工作（含非公黨建工作）做好黨員教育、黨員發展和管理工作；根據干部管理權限，負責開發區干部考核、管理、教育、培養工作；負責工資福利、人事管理；負責開發區人力資源開發和管理工作；負責與縣人大、政協的聯絡工作；負責開發區工、青、婦等群團工作；負責人武、統戰、外事對臺事務、僑聯等工作。負責區內思想理論宣傳、意識形態教育、精神文明建設、網絡問政、信息宣傳、輿情監督、網站維護等工作。下設組織科、宣傳科。
1、組織科
負責開發區黨的建設工作（含非公黨建工作），加強對基層黨組織工作的聯系和指導；根據干部管理權限，做好開發區干部的考核、推薦、選拔、考察等工作；負責開發區干部教育、培訓工作；負責工資福利、人事管理；負責開發區人力資源開發和管理工作；做好黨工委中心組學習組織工作；負責與縣人大、政協的聯絡工作；負責開發區人武、老干部、統戰、外事、對臺事務、僑聯等工作；負責開發區工、青、婦等群團工作。
2、宣傳科
負責開發區對外宣傳和黨務政務信息工作；負責開發區新聞
宣傳策劃、企業宣傳策劃工作；負責開發區網站建設與管理、網上輿情和政府12345熱線監督、辦理、調處工作；負責開發區理論學習、思想政治工作和社會宣傳工作；負責開發區精神文明建設工作；負責指導、協調區內文化工作；做好各類新聞單位來開發區采訪報道的接待工作。
核定部長1名，副部長1名，科長2名。
（三）投資促進局
負責制定開發區經濟社會發展規劃和產業發展規劃，指導產業結構調整和布局；協助各產業園編制產業發展規劃；負責開發區統計工作；負責開發區目標考核工作及上級有關部門對開發區的綜合評價工作；負責開發區科技和知識產權保護等管理工作。 負責統籌開發區招商引資工作，對全區招商工作進行研判，組織策劃招商活動，參與招商談判和簽約；負責全區項目投產前的協調推進工作，包括進區項目的審核、核準、備案及在建項目的幫辦服務；負責全區招商引資考核和目標管理考核工作。
下設：產業發展科、招商和項目推進科、統計科。
1、產業發展科
研究分析開發區經濟發展情況，并對經濟運行態勢進行預測、預警和監控；負責協助各產業園編制產業發展規劃，研究制定扶持產業發展的政策措施，確定產業招商類別和項目，指導產業結構調整和布局等；負責開發區工業企業的節能降耗和清潔生產工作；負責開發區進出口口貿易管理工作；負責協調海關、商檢、外匯、出口信用保險等有關工作；負責商貿服務業、社區商業發展，推動電子商務發展，加強開發區對外經濟合作和境外投資管理工作；負責開發區企業擴能升級和重大項目的培育工作；負責組織區內企業各級各類專項扶持資金的申報、協調工作；負責推進區內企業上市工作；指早工業各行業協會開展工作；負責特色園區和國家級開發區創建和申報工作。
指導和幫助區內企業制定科技創新規劃，推進科技項目建設；負責區內高新技術企業、民營科技企業和高新技術產品、自主創新產品等的組織申報、初審推薦工作；指導和幫助區內企業做好各類研發機構、產品品牌、商標、專利、知識產權等的申報工作，做好知識產權保護、宣傳、培訓工作；構建公共服務平臺，促進產學研交流合作。
2、招商和項目推進科
負責開發區招商治談工作和專業招商人員日常管理；負責招商引資項目庫建設工作；負責按規定權限審批進區的投資項目（含外資項目），為投資商提供項目立項、可行性研究報告批復、企業入區審批；負責境內外各類招商活動的組織策劃、招商引資宣傳手冊的編印、投資環境及對外招商項目的推介工作；負責投資客商的咨詢、接待等工作；負責招商引資項目的聯絡、洽談、跟蹤服務和落地工作；負責項目評審組織實施工作；協調處理治談落戶過程中的有關問題。
3、統計科
負責開發區統計管理工作，搜集、整理開發區統計資料，開展統計分析，提供統計信息；負責組織實施重大國情國力和區情區カ普查工作；負責企業統計人員的業務培訓；負責開發區目標考核工作及上級有關部門對開發區的綜合評價工作。
核定局長1名，副局長3名，科長3名。
（四）行政審批局（政務服務中心）
根據授權辦理開發區管委會的行政審批事項；負責行政審批事項有關幫辦工作；負責進駐政務服務中心職能部門工作入員的教育、培訓、管理和績效考核；負責開發區行政審批、行政服務體系的信息化建設。
負責開發區內企業幫辦服務工作，強化對幫辦人員的管理和培訓；受理與幫辦服務有關的投訴，會同相關部門對違規違紀行為進行調查處理；負責開發區項目建設推進工作，幫助企業做好項目立項、項目開工前的證照辦理、供電、供水、供熱、供氣征地等工作；做好項目的土地點供等服務與協調工作，及時處理項目建設中遇到的各種問題；會同有關部門做好外商投資服務工作，建立外資企業數據庫，加強信息統計和分析，提出工作意見和建議。下設綜合業務科和幫辦服務科。
1、綜合業務科
根據授權辦理開發區管委會的行政審批事項；負責進駐政務服務中心職能部門工作人最的教有、培訓、管理和績效考核；建立和完善高效便民的政務服務體系。
2、幫辦服務科
負責區域內企業幫辦服務工作；負責幫辦服務項目臺賬建立工作；協調解決企業在建設、生產過程中出現的各種矛盾和問題受理與幫辦服務有關的投訴，會同相關部門對違規違紀行為進行調查處理；負責開發區項目建設推進工作，幫助企業做好項目目立項、項目開工前的證照辦理、供電、供水、供熱、供氣、征地等工作；做好項目的土地點供等服務與協調工作，及時處理項目建設中遇到的各種問題；會同有關部門做好外商投資服務工作，建立外資企業數據庫，加強信息統計和分析，提出工作意見和建議。
核定局長1名，副局長1名，科長2名。
（五）財政和國有資產管理局
負責編制開發區財政預算，組織財政預算執行和編制財政預算，協調解決財政、稅務和開發區金庫在預算執行中出現的問題；調查分析財政收支情況，提出增收節支和平衡預算的措施；辦理支持企業發展優惠政策兌現工作，監督稅收法規和政策的執行情況，研究開發區財源變動情況和對財政收入影響較大的各種財稅政策；負責開發區機關經費工作；負責開發區會計事務管理工作，指導和管理開發區企業的財務工作；負責開發區的投融資及企業信貸工作；負責開發區國有資產管理工作等。下設預算科和會計科（國有資產管理科）。
1、預算科
負責編制開發區年度預決算方案并組織實施；負責總預算會計業務、開發區財政資金安排和監督管理工作；負責開發區重點工程資金、重點項目的投融資工作；負責各金融機構與企業信貸對接協調工作；負責分析研究財政經經濟形勢，開展稅收調查分析工作；負責相關稅政管理理工作。
2、會計科（國有資產管理科）
負責開發區日常經費核算、撥付工作；負責開發區重點工程資金核算工作；依法管理全區會計工作，負責區內企業財會人員從業資質的管理，監督檢查企業會計信息質量工作；負責辦理支持企業發展優惠政策兌現工作；管理和監督政府采購活動；負責開發區國有資產管理工作；負責開發區國有資產的使用、經、收益收繳工作，確保開發區國有資產保值增值。
核定局長1名，副局長2名，科長2名。
（六）規劃建設局
負責國家、省、市有關規劃管理方面的法律、法規在區內的貫徹落實；負責開發區發展規劃的修編、管理、實施、監察及項目選址工作；負責開發區基礎設施建設工作，受理建設項目相關業務，根據授權核發“一書兩證”；負責區內工程質量和安全的檢查監管工作；負責進入開發區施工單位的備案登記、資質審查等工作，規范開發區建筑市場，督促擬開工項目完善報建手續嚴格按審核后的圖紙監督施工；負責區域內自來水安裝管理工作；負責區域內防洪排澇、泵站管理工作等。下設規劃科和建設科。
1、規劃科
負責編制、審查和報批區中長期發展規劃、總體規劃、控制性詳細規劃和各項專業規劃；受理建設項目相關業務，根據授權核發“一書兩證”；負責區內各類公共設施和固定建筑物的審批工作；負責區規劃檔案管理工作；指導和監督各類規劃的實施。
2、建設科
負責開發區涉及政府投資和以政府投資為主的工程招標、施工管理及竣工驗收工作；負責區內工程質量的檢查監管工作和區內招商項目建設工程的開工報建、竣工驗收工作；負責入區施工單位、監理單位的管理工作，規范區建筑市場，監督施工單位嚴格按規范施工；指導區內綠化、道路、管網等市政公用設施的日常及應急管理；負責區自來水安裝管理工作；負責開發區防洪排澇、泵站管理工作；配合相關部門做好區內燃氣、給水、供電通訊等公用設施的管理工作；負責開發區房產管理、交易、抵押等手續辦理工作；負責開發區工程建設工作；負責供電、消防部門的聯絡工作。
核定局長1名，副局長2名；科長2名。
（七）綜合執法局（安全生產監督管理局）
負責制定開發區依法行政規劃并組織實施；根據相關職能部門的委托，行使除縣直部門派出機構職權范圍外的行政執法權；負責受理并處理開發區范圍內的行政執法投訴。綜合監督管理開發區安全生產工作，依法行使安全生產綜合監督管理職權。協助縣城市管理局管理開發區內的城市管理工作。下設：綜合執法科、安全生產監督管理科、城管科。
1、綜合執法科
根據相關職能部門的委托，行使除縣直部門派出機構職權范圍外的行政執法權；負責受理開發區范圍內的行政執法投訴。
2、安全生產監督管理科
研究提出加強開發區安全生產管理的措施方案；監督檢查指導、協調區內安全生產工作；組織安全生產大檢查和專項督查參與研究有關部門在產業發展中涉及安全生產的相關工作。綜合監督管理開發區安全生產工作，依法行使安全生產綜合監督管理職權。分析、預測并通報全區安全生產形勢，研究、協調和解決安全生產中存在的重大問題。根據授權發布安全生產信息，綜合管理生產安全傷亡事故統計和分析工作；依法組織、協調權限內安全生產事故的調查處理和辦理結案工作，并監督事故查處的落實情況；研究制訂全區安全生產應急預案，組織、指揮、協調安全生產應急工作。
3、城管科
協助縣城市管理局對區內環境衛生、園林綠化、道路雨污水管道、道路市政設施等進行管理。
核定局長1名，副局長2名，科長3名。
（八）社會事業局
負責政法、社會管理、綜合治理工作；負責征地、拆遷補償工作；負責協調社會治安基礎防范工作，指導、督促轄區社會治安防控措施的落實；組織協調有關部門和單位做好流動人口管理服務、預防青少年違法犯罪、刑釋解教人員安置幫教、社區矯正禁毒、國家安全和反邪教等工作；負責社會穩定風險評估工作負責法制宣傳、法律援助工作；負責轄區內信訪工作，做好社會矛盾糾紛調解；統籌協調教育、衛生、體育、民政、人口、計劃生育等工作。下設：綜合治理科（信訪科）、社會事業科。
1、綜合治理科（信訪科）
負責政法、社會管理、綜合治理工作；負責協調社會治安基礎防范工作，指導、督促轄區社會治安防控措施的落實；組織協調有關部門和單位做好預防青少年違法犯罪、刑釋解教人員安置幫教、社區矯正、禁毒、國家安全和反邪教等工作；負責社會穩定風險評估工作；負責法制宣傳、法律援助工作；負責群體性事件應急綜合協調和處置管理工作；負責轄區內信訪工作，做好社會矛盾糾紛調解。
2、社會事業科
負責流動人口管理服務工作；統籌協調教育、衛生、體育、民政、人口、計劃生育等工作。
核定局長1名，副局長2名，科長2名。
（九）監察審計局
負責黨風廉政建設、黨紀政紀宣傳教育及制度建設工作；負責受理舉報、控告和申訴，查處各類違法、違紀案件；負責區內行政監察和效能監督工作；負責區內基層領導干部任期經濟責任的審計監督工作；負責開發區財政預算執行情況和其他財政支出情況的審計工作；負責區內使用財政性資金的新建、改建和擴建項目的審計監督工作；負責開發區征地、拆遷補償等各項工程審計簽證工作。下設監察科、審計科。
1、監察科
負責開發區“一崗雙責”、行政監察和效能監察、考核工作負責黨風廉政建設、黨紀、政紀宣傳教育及制度建設工作；負責受理舉報、控告和申訴；受理并查處各類違法、違紀案件。
2、審計科
負責開發區審計工作；負責對開發區內納入政府采購范圍的政府采購行為和部門財務收支情況的監管；負責對開發區預算內、外資金的使用情況進行監督；負責開發區基礎設施建設、征地和拆遷補償等各項工程審計簽證工作；對開發區政府投資和以政府投資為主的建設項目預算執行情況及決算進行審計監督，出具審計報告；委托有資質的造價咨詢機構進行工程決算審計，并對審計情況進行全過程監督；按規定對開發區基層領導干部實行經濟責任審計。
核定局長1名，副局長2名，科長2名。
三、其他機構
（一）按照紀檢監察相關規定設立開發區紀工委。
（二）根據市委、市政府確確定泗洪“2＋1”主導產業，在泗洪經濟開發區分別設立泗洪電子信息產業園管委會、新型膜材料產業園管委會和機械制造產業園管委會等3個特色產業園，均為正科級建制，在泗洪經濟開發區黨工委、管委會領導下工作，負責產業園的招商和建設。
泗洪電子信息產業園管委會、新型膜材料產業園管委會和機械制造產業園管委會均下設綜合科、產業招商科。
1、綜合科
綜合協調產業園的日常事務；負責產業園的接待和對外聯絡工作；負責編制產業園發展規劃和年度計劃，經濟開發區黨工委管委會審核同意后組織實施。
2、產業招商科
負責產業園招商引資工作，做好進園項目的洽談、會審、簽約工作；負責辦理進園建設項目的有關手續。
三個特色產業園分別核定主任1名，副主任3名；科長2名。